Yürürlükteki ruhsatlar  her yıl ocak ayının sonuna kadar ruhsat bedelinin tamamının yatırılması zorunludur.

İşletme ruhsat bedelinin %70’i genel bütçeye gelir kaydedilmek üzere ilgili muhasebe birimi hesabına, %30’u çevre ile uyum planı çalışmalarını gerçekleştirmek üzere ruhsatı veren idarenin muhasebe birimi hesabına aktarılmak üzere Bakanlığın belirlediği bankada açılacak teminat hesabına yatırılır.

I. Grup (a) bendi madenlerin ruhsat bedelleri ise, büyükşehir belediyesi dışındaki illerde il özel idaresi hesabına yatırılır. Ruhsat bedelinin yatırılmaması veya eksik yatırılması hâlinde 20.000 TL idari para cezası verilir ve ruhsat bedelinin üç ay içinde tamamlanması istenir. Bu süre içinde ruhsat bedelinin yatırılmaması durumunda ruhsat iptal edilir. Verilen sürede yatırılmayan ruhsat bedelinin %70’ine tekabül eden tutar 6183 sayılı Kanun hükümlerine göre takip ve tahsil edilmek üzere ilgili tahsil dairesine bildirilir. Kaynak tuzlalarından ruhsat bedeli alınmaz. Faaliyet sonrası sahanın çevre ile uyumlu hâle getirilmesini müteakip, çevre ile uyum bedeli iade edilir.

Arama ruhsatlarında ruhsat taban bedeli 1.000 TL, işletme ruhsatlarında ruhsat taban bedeli 10.000 TL olup, bu bedeller ile bu Kanun gereğince uygulanan idari para cezaları her yıl 213 sayılı Vergi Usul Kanunu uyarınca belirlenen yeniden değerleme oranı nispetinde artırılır. Ruhsat bedeli, taban bedelinin maden grubu ve alan büyüklüklerine göre belirlenen katsayılarla çarpılarak arama ruhsatlarında ekli (1) sayılı tabloda, işletme ruhsatlarında ise ekli (2) sayılı tabloda gösterildiği şekilde hesaplanır. Kuruşlar liraya iblağ edilir.

Bakanlık, mülki idare amirlikleri ve il özel idareleri tarafından bu Kanuna göre verilen idari para cezaları hakkında 30/3/2005 tarihli ve 5326 sayılı Kabahatler Kanunu hükümleri uygulanır. Bu Kanuna göre verilen idari para cezaları tebliğinden itibaren bir ay içinde ödenir. Tahakkuk eden ve ödenmeyen Devlet hakları 6183 sayılı Kanun hükümlerine göre takip ve tahsil edilmek üzere ilgili tahsil dairesine bildirilir.

Ruhsat birleştirme, izin alanı değişikliği, ihale, küçük alanların ihalesi, devir talepleri, işletme ruhsatı ve süre uzatımı taleplerinde işletme ruhsat taban bedelinin genel bütçeye yatırıldığına dair belge ve 6183 sayılı Kanunun 22/A maddesi kapsamında vadesi geçmiş borcun bulunmadığına ilişkin belge ile müracaat edilir. I. Grup (a) bendi madenlerde ise büyükşehir belediyesi dışındaki illerde il özel idaresi hesabına gelir kaydedilmek üzere yatırıldığına dair belge ve 6183 sayılı Kanunun 22/A maddesi kapsamında vadesi geçmiş borcun bulunmadığına ilişkin belge ile müracaat edilir.